仓耀祖光和七年（184年），黄巾起义爆发，朝中公卿都推荐朱儁，说他有才略。于是，朝廷任命他为右中郎将，持节，与皇甫嵩共同出征。
朱儁先与黄巾军波才部作战，失败。皇甫嵩退守长社（今河南高官葛县东北）。波才率大兵包围城。当时，城中兵少，众寡悬殊，军中震恐。皇甫嵩安慰部下，并打算使用火计。天遂人愿，当晚大风骤起。皇甫嵩命令将士扎好火把登上城墙，先派精锐潜出围外，纵火大呼，然后城上点燃火把，与之呼应。皇甫嵩借此声势，鸣鼓冲出。黄巾义军缺乏战斗经验，惊慌散乱，被迫后撤。这时，曹操也奉命赶来，于是皇甫嵩、曹操、朱儁合兵，乘胜追击。黄巾义军顽强抵抗，斩杀数万人。
接着，皇甫嵩又和朱儁一起乘胜镇压汝南、陈国地区的黄巾军，并追击波才、进攻彭脱，连连取胜，平定了三郡之地。皇甫嵩上表朝廷，推功于朱儁，朱儁被封为西乡侯，迁镇贼中郎将。
当时南阳郡黄巾首领张曼成起兵，自称“神上使”，拥众数万，杀郡守褚贡，屯驻宛城（今河南南阳）百余日。继任太守秦颉击斩张曼成。黄巾余兵又举赵弘为帅，人众越来越多，达到十几万人。朱儁、荆州刺史徐璆和秦颉合兵一万八千人，进击赵弘，从六月直到八月，始终不能取胜。有人建议要召朱俊回京。司空张温上疏劝阻，他说：“当年秦用白起，燕任乐毅，都是旷年持久，才能够克敌。朱儁讨颍川，已经有功效，率部南征，计划已定，临阵换将，这是兵家所忌的，应该给他时间，让他成功。”灵帝依议。朱儁于是挥兵急攻宛城，杀死赵弘。
黄巾军又以韩忠为帅，仍然占据宛城。朱儁兵少不敌。于是解散城围，扎下营垒，筑造土山，面对城内。鸣鼓呐喊，摆出进攻城西南的态势。黄巾军全都赶赴应敌。朱儁却自率精兵五千，进攻东北，将士鼓勇，登城而入，韩忠退守小城，惊惧非常，请求投降。
朱儁的司马张超及徐璆、秦颉皆欲听之。朱儁不同意，他说：“出兵有形同而实异的地方。当初在秦末的时候，人民没有稳定的君主，所以以赏附来劝降。现在海内一统，只有黄巾造反，纳降他们不能使人向善，讨伐他们足以惩恶。现在如果接受他们的投降，那就滋长他们造反的意念，给他们有利就进战，不利就乞降的想法，这是纵敌长寇的策略，不是良计。”说完，下令急攻，但一连数日，都未能攻克。
朱儁登上土山，瞭望黄巾营垒，然后对张超说道：“我知道了！贼人的外围坚固，内营逼急，求降不得，想出也出来不
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