所有机械士兵装备的仪器设备都是经过特殊工序处理过的，并不会受到古代遗迹内部那种特殊磁场的影响，控制这些机械士兵行动的家伙就是身处自己大本营的基地内，使用远程意识来操控机器人的艾玛迪乌斯本人。
零号猜的没错，艾玛迪乌斯早在摩登军团之前就已经和火星人进行了接触并且双方一拍即合勾搭在了一起，他们这些毫无下限的科学疯子甚至帮助火星人完成一些秘密人体实验从而获得了不少黑科技。
艾玛迪乌斯联合组织所执行的主要实验项目就是对人体进行各种改造，而他们自己则将这项实验称之为“超级士兵计划”或者“人类变种计划”！
没错《合金弹头》二代里在第五关地铁秘密实验室中逃出来的生化突变士兵就是艾玛迪乌斯联合组织的实验产物。
获得火星人黑科技的研究人员终于在某座城市地铁内部的秘密实验室里孕育出了能让艾玛迪乌斯联合组织称霸世界的生物兵器。
但是那些自大的科学家们却远远低估了这些生物的力量，从而最终引发了一场可怕的灾难。
惊慌失措的研究人员与收到消息前来支援的摩登军团最终在损失惨重之下协力将那些生物兵器囚禁在了由无数金属铁门制成的隔间里，并且摩登军团还派遣了重兵严加看守。
这种大事正规军那边自然也得到了消息，于是他们便派遣游隼小队前往侦（收）查（尾）并重新开启了变异士兵横行的地铁实验室！（怎么有股生化危机U.B.C.S.小队重启蜂巢的既视感！）
而负责进行动物改造实验的则是另一位名为摩罗博士（ Dr. Moreau）的天才科学家，《合金弹头》三代里的所有变异生物都是他的杰作，这两位可以称得上是世界顶级的科学家都成功与火星人狼狈为奸！
零号见众人面露疑惑想了想继续说道：“前面那座石碑的名字如果翻译过来叫做摩西十诫，你们可以理解为是古代火星人的太空航标，同时它相当于是古代遗迹内部的防御系统，之前那些被蜘蛛之母吞噬掉的生物叫做摩罗之眼也是压制变异生物的手段之一。”
“整座遗迹其实就是一座规模庞大的生物实验室，古代火星人在这里改造地球的原生物种并将其奴役，当然其中自然也包括了人类。”说到这里零号突然停了下来，因为他隐约地听到有一阵沉重的脚步声正在快速接近。
整座最终大厅一共有三处出入口，除了艾玛迪乌斯来时使用的升降平台外就是两个连接另外两处特殊区
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