成祖朱棣在锦衣卫外，另设东厂，因设于东安门北而得名。成化十三年（1477），宪宗设西厂，由汪直统领。正德初年，权阉刘瑾奏设内行厂，自领之，职权更广，虽锦衣卫、东厂、西厂亦在侦缉范围之内。正德五年（1510），随刘瑾被诛而内行厂废止。终明一朝，西厂、内行厂存在时间不长，而锦衣卫、东厂则存至明亡。这些特务机构，成为维护皇权的重要手段，但更多的时候是被专权的太监如刘瑾、魏忠贤等人所利用，成为打击报复大臣的有力武器，不知有多少忠臣惨死其中。
朱元璋所进行的这些制度更张，尽管后世或臧或否，评价不一，但基本实现了他的初衷，也算称心如意。只是有一件事，却困扰了他近30年，迟迟无法解决。
陷入定都困扰。朱元璋登基称帝前后，对于国都的确定几经周折。最初朱元璋参加农民起义军后，一直活跃在江淮之间。然而这里土地贫瘠，民生艰苦，而且接近元朝的军事力量，不利于自己的发展壮大。为了谋求更大的发展空间，成就不世之伟业，必须另择一个既有经济保障又地形险要的根据地，这样金陵就进入了朱元璋的视野。金陵，北有长江天堑，为形胜之地，三国吴，东晋，南朝宋、齐、梁、陈，五代十国的南唐都曾以此为都城。冯国用首先向明南京城墙朱元璋建议攻取金陵，"金陵龙蟠虎踞，帝王之都，先拔之以为根本，然后四出征伐，倡仁义，收人心，勿贪子女玉帛，天下不足定也"。陶安也建议先取金陵，据形势以临四方。叶兑也上书请求定都金陵，然后就可以拓地江广，进军两淮，北征蒙古，退军又可以据长江以自守。元至正十六年（1356），朱元璋听取谋士的意见，攻取金陵，改称应天府，修建宫殿，以此为争夺霸业的基础。此后十余年间，朱元璋南征北战、四出征讨，将江南群雄依次消灭。洪武元年（1368）正月，朱元璋在应天称帝，在即位诏书中称应天为京师。
然而朱元璋只是暂时肯定了应天作为京师的地位，并没有正式确立国都。作为自己成就霸业的地方，朱元璋为何不肯确立应天为国都呢？首先，朱元璋觉得以应天为国都的历朝都是气数不久，似乎不太吉利。其次，有些大臣认为"有天下者，非都中原，不能控制奸顽"，明南京聚宝门藏兵洞
而且应天偏处江左，在位置上作为国都不是十分理想。三月，朱元璋派兵攻取汴梁。许多人建言定都汴梁。朱元璋很重视，于四月亲自前去实地考察。他认为汴梁虽然位置适中，但是无险可守，四面受敌，论形势不如应天。八月，朱元璋正式下
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