居然让零号机暴走了...父亲，你为什么要这样做？？？你到底想要干什么？】
【2004年11月12日，父亲控制住了暴走的零号机...他居然把亚当胚胎重新植入零号机身体内，他就不怕亚当重生吗？】
“......”
看完碇真嗣的外出日志后，林天愕然了，久久不能自语。他本以为碇真嗣回去后先隐藏实力，一步一步地揭开碇源堂的阴谋。
可他万万没有想到，碇真嗣会回到他的母亲碇唯死亡之前的时间点。霸道地将碇唯从实验室带出去，避免她因为与初号机接触而死亡。
“灵幻新隆到底和碇真嗣说了些什么？让他变化这么大...这直接把莉莉丝杀死、让碇源堂不得不用手上的亚当胚胎控制零号机...乱了，全乱了。真嗣同学啊，你把不想让母亲死去，我能理解。但你怎么解决之后的危机呢？有些期待你的表现啊...”
对于EVA的背景故事，林天还是有些了解的。大约在46亿年前亚当随着陨石坠落到南极，接着在40亿年前莉莉丝也降临到地球箱根，。
莉莉丝的降临导致太平洋板块的一部分被剥离出地球，形成月球。这一次降临被称为第一次冲击。
在EVA世界的近代，出现了一个名为Seele是不为世人所知的秘密结社组织，组织成立的目的是完成人类补完，即人工促进人类进化为完全的神。
2000年9月13日，Seele组织的南极科考队将人类的双螺旋基因注入到亚当体内导致其暴走，苏醒的亚当化身为白色巨人。
他张开的翅膀遮天蔽日，巨大的爆炸让南极化为血海，席卷全球的次生灾害导致半数人类丧生。
甚至造成了海平面上升和地轴偏转，日本因此处于全年夏天。这场堪比恐龙灭绝的浩劫被人们称为第二次冲击。
2003年，Seele也发现了位于箱根地下的莉莉丝，并利用她降临产生的巨大空洞建造了一座地下都市，作为人工进化研究所的基地。作为Seele的一员，碇源堂带领着碇唯等人开始模仿亚当制造人形兵器EVA。经过无数次的实验，终于制造出一台没有灵魂的原型机，也就是EVA零号机。随后他们切下了莉莉丝的半身，并将其改造为EVA初号机。
2004年，碇唯进行了初号机启动实验，然而实验失败了，碇唯的灵魂和初号机融合，肉体彻底消失，碇源堂尝试各种方法也没能挽回。年幼的真嗣目睹了一切，但由此产生的心理障碍反
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