《明倭江户停战协议》的主要内容如下：
第一，倭国皇帝取消皇帝封号，改为倭王，向大明表示臣服，永不背叛。德川家为倭国世袭将军，皆和倭王一起，受大明册封才能继位。
第二，倭国割让萨摩藩领土给琉球国，割让九州岛剩余领地给大明。岛上之倭人，准许在两个月内变卖其未能带走之财物，离开九州岛。至于已为俘虏之倭人，须得服苦役五年赎罪。服役期满，可返回倭国。
第三，倭国赔偿大明军费等相关开支，共计金额为白银两万万两。
款分作八次交完：第一次五千万两，应在本约批准互换六个月内交清；第二次五千万两，应于本约批准互换后十二个月内交清；余款平分六次，递年交纳；未经交完之款应按年加每百抽五之息；但无论何时将应赔之款或全数或几分先期交清，均听倭国之便。
如果白银无法缴足欠款，可用黄金、铜、硫磺等物折价替代。
第四，倭国开放所有地区，不但准许大明百姓前来做买卖，还必须是最优惠的待遇。如若明人牵扯倭国官司，明人之审判，当交由大明来审判，倭人不得定明人之罪！
第五，为和倭国沟通之需，特派明使常驻江户。所住区域，倭人不得擅自进入，安全职责亦派明军负责。
这份条约在倭国这边签订之后，还需要大明皇帝同意。
蓝天保和户部右侍郎以及兵部右侍郎商量之后，便和倭国这边达成以下事宜。
即倭王素鹅宫并德川家光选定之世子德川家纲启程前往大明京师觐见，同时缴付第一批五千万两白银，其中包括一部分硫磺和黄金以及铜，一起押解前往京师。作为交换，九州岛上的倭人，即日起便可过海回到倭国。
在这个时代，战败的代价，往往是灭国。而这份协议的签订，却保证了倭国的独立。虽然条件很是苛刻，但是德川家光也是接受了，至少也保证了他德川家能永远掌握倭国大权。
对于这份协议，参与谈判的兵部右侍郎其实也有疑惑的，就问了主导这事的锦衣卫指挥同知。
蓝天保当时就笑呵呵地对他们说道：“如果灭了倭国，倭人都成了我大明百姓的话，我大明还要费心治理，就这穷山恶水的地方，根本就不值得。可通过如今这种方式，这倭国土地上的财富，我们不照样可以拿走，恶人之名则由德川幕府背了。并且，我们大明的商品，也有一个可以售卖的地方，继续赚取这里的财富，不挺好的么？”
“蓝大人英明啊，
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