科中式第十九名举人。次年春，洪承畴赴京会试，连捷登科，为丙辰科殿试二甲第十四名，赐进士出身。从此登上了大明的政治舞台。
洪承畴对于明朝最大突出贡献之一就是陕西剿匪。洪承畴初授刑部江西清吏司主事，历员外郎、郎中等职，在刑部任事六年。天启二年擢升浙江提学佥事，以才高识士，所选人才皆俊奇，为朝廷所器重，两年后升迁两浙承宣布政左参议。天启七年，洪承畴升陕西督粮参政。
崇祯元年七月，陕北地区爆发农民大起义。明廷令三边总督杨鹤负责剿匪，杨鹤的主张是“剿抚兼施、以抚为主“。其实这也是读书人掌兵的通病，福建巡抚熊文灿在福建就是这么干的，郑一官就是在这种大前提下从打海盗成为朝廷副将的。
崇祯二年，农民军王左挂、苗美率兵进攻韩城。陕西总督杨鹤手中无将，情急之下，令当时还是参政的洪承畴领兵出战。洪承畴也不负重托，率兵斩杀敌兵三百人，解了韩城之围，顿时名声大噪。这也不能怪当时的人大惊小怪，这个武功废驰多年，尤其是还是个读书人能够如此很是不易。
崇祯三年)六月，洪承畴被任为延绥巡抚。王左挂降而复叛，被洪承畴诛杀。作为杨鹤手下干将，本该支持上司的招抚政策，可是洪承畴反而大力剿匪。而且不仅剿匪，且并杀降。当时被其杀掉的投降流寇多达数万。很多读书人可能觉得洪承畴滥杀无辜，毛钰却不以为然，一来官府没有那么多的银子和粮食安置，二来这些人一旦放回去还会重新造反，因为辛苦种田哪有劫掠来的爽快。这已经不是单纯的教化问题，而是世界观的问题。
其实如果读过明末“贼军“史就不难发现，李自成、张献忠曾多次诈降，养精蓄锐一段时间后再反。明朝多次对“贼军“剿而不死，就是因为这种诈降。由此可见，洪承畴在这方面是颇有先见之明的。明廷无力养活大批饥民，已就抚者，纷纷再起。不久与总兵杜文焕击败张献忠于清涧县。
崇祯四年，三边总督杨鹤为此被罢官入狱，洪承畴继任陕西三边总督。洪承畴改杨鹤的“边剿边抚(诱降)“为“全力清剿“、“以剿坚抚，先剿后抚“方针，集中兵力进攻陕西农民军。
崇祯五年春，一股农民军由于顶不住官军的压力，向庆阳突围。洪承畴亲赴庆阳，指挥会战，与总兵曹文诏、贺虎臣一起围剿农民军。双方在西澳激战数十次，农民军损失惨重，首领可天飞被斩杀，部将白广恩投降。曹文诏又剿贼于耀州锥子山，贼兵杀独行狼等后投降，洪承畴命令屠杀四百人，剩
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