是研发和铸造“火炮”的技术在当时并不比西洋人差多少。
明朝天启年间，在让整个大明朝振奋不已的“宁远大捷”中，明军赖以发威的武器便是摆在宁远城头上的十多门大炮和炮台，这就是按照孙元化的意见修筑和摆放的“红夷大炮”，即仿照葡萄牙人的重型火炮。
崇祯三年，孙元化被人举荐，担任了“登莱巡抚”。在任上，他还组建了一支有20多个外国人（估计是葡萄牙人）参加的雇佣军，专门为辖下的军队担任炮手，以及帮助他研发火炮。这也是很有创意的举措。
另外，他还抱着善意，接纳了从皮岛逃到登莱地区的孔有德、耿仲明、李九成等原毛文龙麾下的将领，让其在自己的麾下为将。没成想，他这一善意的举动，给自己带来了灭顶之灾，还不如上任武之望。
崇祯四年，在辽东地区，明朝和后金之间打响了“大凌河之战”，明朝因战事不利，从各地调派军队出关救援。孙元化也派出了孔有德、耿仲明、李九成等人，先走陆路向西千里，再折返北上辽东参与此战。
但是，孔有德等人率军行进到吴桥时，因和当地士绅发生了矛盾，一怒之下发动了兵变，竟造反了。
孔有德等造反后，一路杀回登莱地区，孙元化应对不利，拒绝听从登莱总兵张可大正确的平叛意见，以至登莱明军大败，连自己都被俘虏了。对此，《明史•张可大传》中就有如下记载：
“未行而孔有德反吴桥，东陷六城。可大急往剿，元化檄止之，不听......有德暮薄城。可大请击之，元化持抚议，不许。可大陈利害甚切，元化期明岁元日发兵合击。至期，元化兵不发......焘（张焘，据说也是一名火器专家）兵半降有德，遣归为内应。元化开门纳之，可大谏，不听。夜半贼至，城遂陷。”
孙元化此前因羞愧而自杀未遂，但被俘虏后因之前曾收留孔有德等人算对其有恩，故孔有德并没有杀他，甚至还差点被孙元化说服，准备接受朝廷招抚。但是，孙元化的计划最终被巡按王道纯破坏，始终没能成功。王道纯也算是医学家，竟自己没有著作，但校检及整理过许多前人的医学著作，更懂官场厚黑。
孔有德之乱被平定后，孙元化却要承担责任，于是被崇祯皇帝下令斩首。他恐怕到死都没想到自己收留的孔有德不仅带着自己部队跑去投降清朝，而且还带走自己积攒的火炮、炮手和铸造火炮的外国专家。
在明朝末年的崇祯朝，孙元化的名气要比武之望大得多，因为他是研发火器的专
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