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朱纨的手段很强硬，下令把俘虏全部处死。可是朱纨也遭到政敌的诬陷，说他杀了普通走私商，而不是海盗。朝廷没有调查清楚，下令逮捕朱纨。
嘉靖二十八年1549年，朱纨自杀身亡。葡萄牙人很是惊喜，自此横行霸道无所顾忌。他们开始在澳门建城、盖房子，新来的移民源源不断。当地官员也懒得过问。
到明神宗万历年间，澳门以葡萄牙人为主的外国移民已经有一万多人，远超当地人的数量。唯有明王朝的市舶司在那里宣示主权。
葡萄牙人得寸进尺，甚至越过澳门的地界修建教堂，目的是为了永久占据土地。当地官员一来畏惧对方的声势，二来因利益瓜葛，并没有阻拦。
期间，曾发生过葡萄牙人伙同倭寇杀害明朝官军的案件。葡萄牙人还大肆拐卖沿海地区的人口，影响十分恶劣。
万历四十二年1614年，两广总督张鸣冈深感澳门的形势不利于稳定，上报朝廷要求大力整顿，得到许可。
明王朝公布了几项禁令，所有出入澳门的人员必须经过检查，严禁外国人买卖人口，不得随意停泊船只，不得随意修建房屋等。
为了澳门的安全，明军一支上千人的部队入驻了香山县通往澳门半岛的莲花茎。后来葡萄牙越界修建的教堂被强行拆除，他们没敢反抗。
对葡萄牙来说，这无所谓，最重要的是保住通商的权利。中文网更新最快 手机端：://
葡萄牙在澳门的生意红火，早已惹得另一个国家大为眼红。当时欧洲的海洋强国荷兰也想插足澳门。
荷兰在明朝叫“和兰”，也叫“红毛夷”。万历二十九年，荷兰人开着一艘巨舰到澳门，请求和明王朝开通贡市。当地官员很感为难，就让荷兰人的首领上岸游玩了好多天。而葡萄牙人和明军严加戒备，荷兰人无功而返。
随后荷兰人占据了台湾、澎湖列岛，不断骚扰中国沿海，要求通商，但是屡次被明军击败。崇祯年间，荷兰人给了葡萄牙人不少好处，间接参与了澳门的贸易。
需要说明的是，葡萄牙的欧洲国土曾在1580年被西班牙吞并，1640年才独立。不过澳门口岸的贸易一直掌握在葡萄牙人手中。
当然，从明朝嘉靖年间到晚清时期，葡萄牙并未拥有澳门的主权。
明王朝放下身段和葡萄牙人通商，只是因为两个字，利益。
虽然万历皇帝答应了萧小墨的请求，派遣藏兵助力阿里杜
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