据统计，苗医掌握病种有200余种，广泛涉及到内、外、妇、儿、神经、精神、骨伤、皮肤、寄生虫及各种传染病、流行病等，其归类方法自成体系，并具有一定的科学性及规范性。
但因地域不同，方言有别，各地苗族医在疾病命名、证治上有不尽相同之处，有同名异症、同症异名的现象，如：同叫“飞蛾证”，湘西方言的“飞蛾证”其临床表现是发热、鼻翼煽动、咳嗽气急、胸痛等;黔东方言的“飞蛾证”临床表现是发热、扁桃体红肿疼痛等。
又如黔东方言的“雷公证”是头部剧烈疼痛，以戴帽一圈尤甚，而湘西方言之“雷公证”则是以胸痛、咳嗽、吐血等为其主症，“同名异症”者治法迥异。另有“同症异名”者，如同样表现为好食生米、面色萎黄、浮肿乏力的，湘西方言称为“米黄证”，黔东方言称为“黄肿病”;同样表现为口干舌燥、多食多饮、腹胀大而形体消瘦者，有的地方称“鱼肚经”，有的地方称为“水证”，“异名同症”者其治疗方药一般是相同或相似的。
苗医认为毒、亏、伤、积、菌、虫是导致人体生病的六种因素，而这六种因素归根结底都要以毒害力的方式才能致病。产生发冷、口渴、腹痛、出汗、头昏、出血、昏睡、气魄不旺等病征。苗医所讲的病症，多是形象化的病名，如：症、疾、风、痧、惊、翻、仆、经等。病候，是病变症候的简称，也就是疾病出现的症候群。疾病的病候共有17种，即积毒病候、雄毒病候、恶毒病候、疼痛病候、急热病候、急冷病候、内冷病候、火毒病候、泻肚病候、胃弱病候、交环不和病候、亏损病候、风冷气水毒病候、气壅病候、外漏病候、危急病候、混杂病候。
因这六种致病因素，苗医素有“无毒不生病”之说。如常可遇到的风毒、冷毒、火毒、气毒、水毒、盐毒等。诊断疾病是通过把脉、听声、观察颜色、询问病情，用手触、摸、扣、打、刮、按、搬、量等传统方法，观察人体皮肤的颜色，精神的变化，体温、脉搏、呼吸、心跳、血压、语音反射功能等方面的异常，观察身体的汁水、尿液、血气、病原体等致病物以及指纹、舌象、目色、鼻窍、咽喉、耳道、淋巴、筋骨皮肉的形态结构变化等。
在索取到可靠的诊断依据后，就开始整病。整病必须遵循治病原则，如失水的病人，就必须补液；肠梗阻，治疗当用赶毒法而不能用止塞法；心力不足，应当用补心的方法，假若使用退火的药物去治疗，使心力更亏，就会出现血压下降、循环衰竭、脑架失养、本命无依等危急病征。
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