此外，总参谋部原本属于五军都督府，朱怡成准备把总参谋部连同五军都督府进行重设。
按照明制，五军都督府分为前、后、左、右、中五个都督府，按照五府结构分设，分别管理京师和天下各卫所军队，从品级上同兵部相等，规定五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。
从这点就能看出，朱元璋当年设置五军都督府是按照当初反元时的大都督府结构基础再加上宋时的枢密院来进行的，同时避免兵部过于染指军权，从而把日常军队的管理、统兵等职权直接交由五军都督府，可同时又限制调遣权归皇帝直接掌管，从而确保皇帝对军队的掌控。
不得不说，朱元璋的这种设置有独到之处，而且在前明早期起到了极好的效果。但由于土木堡之变后，前明勋贵集团在土木堡几乎被一扫而空，从而使得文官掌握的兵部权利大增。
英宗之后，五军都督府的地位开始逐步下降，等到前明中后期，勋贵在朝中已彻底失去了同文官抗衡的能力，五军都督府也就此成了摆设。
但对于朱怡成来讲，朱元璋设置的这套机制还是有可取之处的，而且朱怡成同当年的朱元璋一样，为了防止未来文官独大，从大明复国起就重新建立了新的封爵制度，以其来形成勋贵集团来牵制文官集团。
至于在军队方面，朱怡成在南京时就增设总参谋部，以确定五军都督府对于军事的权利，而之后又在五军都督府内部划分五军都督的职权，把原来按五府分设的结构调整为按军种和所职进行。
现在大明的五军都督府名义上挂着羊头，实际却是卖着狗肉。
其中中军都督府实际上就是京营或者说中央卫戎部队总司令部。前军都督府已成为陆军总部，后军都督府为海军总部，左军都督府统管预备役，右军都督府为总后勤部。
这五部，再加上总参谋部，连同六部之一的兵部，从而形成大明现在的军事结构，由皇帝朱怡成全权掌控。此外，地方上再划分军区，以分设总镇，确保大明军权的控制。
而这一次军机处调整，朱怡成不仅要增设铁道部和商部，同时还要重新确认总参谋部和五军都督府的职权。对于这个调整，其实在返都北京时朱怡成就在一直考虑的了。
此外，宣传部朱怡成暂时维持现状不动，但礼部这一块
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