方从哲听后倒是心里一颤，心道：“自陛下施严政以后，连其身边的厂卫也这么强硬起来，三个侯，一个南京兵部尚书，就这么被杀了！以后，这天下权贵士绅要想不被陛下压制，就只有造反了，而一旦这些权贵士绅造反成功，那自己肯定会是第一个被千刀万剐的，毕竟陛下到底还是天下之主，只要权贵士绅们还想用大明的国号做人上人，还是得给陛下几分颜面，就像隋炀帝也只是被勒死一样。”
因为这样想，所以，方从哲不由得暗自发誓一定不要让有反意的人造反成功。
魏忠贤此时也是和方从哲一样的想法。
即便他也不是很愿意看见这样的局面出现，但魏忠贤知道，他已经是皇帝的附庸，他必须毫无保留地支持自己的皇爷。
所以，魏忠贤没有因为朱由校说许显纯杀得好，而心生反对之意，只继续淡然地禀报道：“启禀皇爷，许指挥使还上奏报说他已抓捕涉嫌非法结社、抨击朝政的士子达六百七十余人。”
“拟旨，入社非法文社者全部革除功名，组建非法文社者，革除功名，罚没其产，归地方藩库，为助学济民之费，并流放三千里！”
朱由校这时候对方从哲吩咐了起来。
“臣遵旨！”
方从哲没有谏阻，他也知道这个时候必须从严。
而且，方从哲也将崇文寺送抵的题本递向了朱由校：“陛下，崇文寺也来了奏报，他们已查处书铺三百四十九处，抓捕出售妖书禁书、诽谤朝政之反书之人达一千三百零七人。”
朱由校听后点了点头，吩咐道：“拟旨，出售妖书禁书之人，有功名者全部革除功名，然后流放戍边，并罚没其产，归地方藩库为助学济民之用！吩咐地方巡抚拿这笔钱多开官办社学而减少私立书院，多建官办医馆与公用旱厕以及水渠，而惠民且增强地方抵抗时疫的能力；无功名者，流放戍边，罚没其产，归地方藩库为助学济民之用，也与朕刚才所说的一样，增加官府收税后反哺百姓的功能，不要再只靠个别有良知的乡绅建设地方！出售诽谤朝廷之反书者，撰写者与出售者，皆斩！”
因为和皇后闲谈得知地方上，大地主大乡绅破坏性很强，但一些有良知的小地主小乡绅对基层维稳又有积极的作用，所以朱由校没打算把通过查抄违法出书与讲学的钱财收归朝廷中央，这样做一是现在朝廷国库充盈了不少，不需要这笔不是很大的钱财，而且，运进京又徒然增加更多运费；
二是朱由校希望增强官府在基层的管控能力
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