对于战后军队整合这件事，朱由检思考了很久，但始终没有拿出自觉最为合适的方案，这件事可以说这是他穿越过来后遇到的最为棘手的问题。
因为这会牵扯到众多原来统兵的总兵大将最终安置问题，这是会产生深远影响的大事，必须尽量考虑周全才好。
因为功臣的安置问题在大明是有前车可鉴的，其中尤以太祖太宗为最，两者截然不同的做法，对后世也是影响比较大的。
在朱由检的眼中，从一个乞丐到君临天下的太祖朱元璋，的确是一位了不起的大英雄，但他对待功臣们的手段却并不值得称道。
在这个问题上可以看出老朱眼光上的局限性。
老朱太狠了，也太过凉薄，小家子气尽显。
难道苦大仇深成功之后，就要翻脸不认人才对？
兔死狗烹、鸟尽弓藏，这个典故在他身上体现得淋漓尽致，同时也给自己的子孙后代埋下了君臣离心离德的祸根。
当初跟着他打天下的那帮文武重臣，最后仅有寥寥几人得了善终，大多数都死在了老朱的屠刀之下，其中甚至包括他的亲侄子朱文正，这得多狠？连亲侄子都杀！
这一点上，老朱明显不如他儿子朱老四。
在对待功臣的问题上，朱棣做到了仁至义尽，现在大明还存续的勋贵们，基本都是靖难功臣的后代。
所以，朱由检准备以朱老四为榜样，不去学朱八八。
但是，这里有个非常重要的问题：职位不好安排。
大明现在这么多总兵大将，虽是多年来参与过剿贼平奴、抵御靼虏等等诸多战事，但论起个人的功绩来，根本无法与开国和靖难功臣们相提并论，要是给他们封爵，这些将领的功劳明显是不够分量的。
有些人明显是守成有余、进取不足，例如镇守宣大的杨国柱、虎大威，坐拥数万边军，多年来也只是苟且在坚城之中，从无一丝一毫扬威塞外的雄心壮志，抱着一种得过且过的心态混日子，根本没有真正替朝廷解忧祛烦的打算。
而其余的大多数军将则是没有任何的战略眼光和思维，好一点的唯命是从，私心重的干脆阳奉阴违，或者出工不出力。如果不是还有像洪承畴、卢象升、孙传庭这样的重臣支撑，这群武将根本指望不上，最后的结果就是顺应历史潮流，换个主子继续效劳。
不过，说一千道一万，自从朱由检穿越过来后，这些军将在剿灭流贼的战斗中还是发挥了非常重要的作用的，并且在这次关外会战中也
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