陈奇瑜在凤阳巡抚兼漕运总督的任上已近两年，期间除却正常职司以外，还多了项督管流贼战俘疏浚运河淤塞河段的任务。
经过近两年高强度的劳作，当初的五万战俘因病或者意外先后已经有五千余人死亡，死掉的这些人都被草草掩埋，连个墓碑也没有。
战俘们共清淤三百余里河段，大部分集中在运河淮安段，使得原本淤塞严重的这段河道变得通畅无比，几百料的大船也能畅行无阻，不再用人工拉纤。
从河中清出的淤泥作为肥料，全都被运到运河两岸的田地中肥田。
这些田地是朝廷从河南迁移过来的灾民们新开垦出来的。来自南阳府和汝阳府诸多州县的上百万灾民，在当地官吏的组织管理下，用了近两年的时间，便在运河两岸的荒地中开出了十多万顷连片的新田。
朱由检曾下旨，迁移过来的灾民按人头每人给与十亩口分田，这些田地是免租赋的；除却口分田之外，每家另外新垦田地皆按十二缴纳租赋，此举使得灾民们的开荒的热情高涨。
为了让灾民们渡过荒年，陈奇瑜奉旨每隔三十里修建一处大型粮仓，截留百万石漕粮储存起来，然后将每人每日所需粮米、食盐、干菜发放到灾民手中，以保证他们有足够的体力能支撑每天的劳作。
幸运的是北地连年的大旱尚未波及到江南一带，浙江、湖广、南直隶的粮食产量未收到大的影响，漕粮征收还算顺利，这些大型粮仓并未空置，灾民们的口粮供应有了保证。
陈奇瑜现在大部分精力都用在了安置新迁灾民、协调他们与当地官府百姓产生的矛盾上面，更多的担负起了凤阳巡抚的民事职责。他将河道清淤和漕运职事，分别交给了衙门中的工部主事和户部兼兑官来操办；自己则带着两名本家兄弟以及一众亲随，往来巡视灾民屯垦的有关事宜，以便安定灾民之心，防止因百姓之间的冲突而引发的民乱事件。
陈奇瑜对漕运职事根本不感兴趣。他知道漕运衙门离开他也会照常运转，而且也不会有什么惹眼的功劳。而今上更看重的是灾民安置是否妥当，只要在这件事上做出一番政绩，那很容易能吸引到皇帝的关注和欣赏。
过百万的灾民迁移是个浩大而繁重的工程。虽然朱由检也自內帑拨出巨款用于灾民的安置费用，但具体到每一件事情上就需要耗费大量的人力物力以及规划和组织，包括勘察地形、合理修建住所、根据荒地安排多少人为一村落等等繁杂琐碎的工作。
此次迁移灾民虽然众多，但安置的算
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