黄巾军又起，攻略郡县。十一月，汉廷派遣下军校尉鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾。双方大战于葛陂。鲍鸿军败。次年二月以征战无功下狱死。黄巾各部此伏彼起，声势复盛。
中平五年（188）三月，太常刘焉以天下兵寇不息，上书灵帝，建议改刺史为州牧，以重其职。刺史本为监察官。东汉以来，渐向地方行政官转化，拥有一州军政大机，灵帝为镇压此起彼伏的农民起义，遂从刘焉之议，改刺史为州牧，并选派列卿、尚书出任州牧。于是，州牧成于居于郡之上和行政长官，握有一州行政大权，职位甚重。从此州牧各据一方，形同割据政权。这种状况最终演化成为汉末诸侯割据分争的局面。
中平五年（188）八月，汉廷在西园成立统帅部，组织起一支新军。新军统帅部共设八校尉：上军校尉宦官蹇硕、中军校尉袁绍、下军校尉鲍鸿、典军校尉曹操、助军左校尉赵融、助军右校尉冯芳、左校尉夏牟、右校尉淳于琼。其中上军校尉何进也要听蹇硕指挥。上军校尉蹇硕成为全国军队的最高统帅。
中平五年（188），巴郡（今四川重庆北嘉陵江北岸）黄巾军起，巴郡板楯蛮乘势再起，攻打郡县，抄略城邑。汉廷派遣西园上军别部司马赵瑾率军进讨，随即将板楯蛮平定。
中平五年（188）六月，益州（今四川成都）百姓马相、赵祗等于绵竹（今属四川）起兵，自称黄巾，杀益州刺史却俭，进攻巴郡（今四川重庆北嘉陵江北岸）、犍为郡（今四川彭山东）。一月之间，攻略三郡，马相自称天子，有兵数万人。益州从事贾龙集聚州郡兵进讨，马相军很快失败。
中平五年（188），冀州（今河北临漳西南）刺史王芬、南阳郡（今河南南阳）人许攸、沛国（今安徽濉县西北）人周旌等见天象不利于宦者，准备尽诛宦官，废掉汉灵帝，改立汉宗室合肥侯为帝。
于是，王芬等边结豪杰，预作准备，曾连结曹操（魏太祖），曹操认为时机未到，不可轻动。回信拒绝。不久，灵帝欲北巡间（今河北献县东南）旧宅，王芬等准备乘机发难，乃止书诡称黑山军攻劫郡县，求起兵进讨。
这时，太史认为天时不利，“不宜北行”。灵帝遂止，并敕王芬罢兵，随之又征王芬入朝。王芬惧事败露，自杀身死。
中平六年（189）二月，春季，王国的部队疲惫不堪，解围撤退。皇甫嵩下令进军追击，董卓说：“不行。兵法上说： ‘穷寇勿迫，归众勿追。’”皇甫嵩说：“不然，以前我们不进攻，是躲避他们的锐气；如
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