总督巡抚虽然常驻地方，然而本身并无品级，多是以朝廷佥都御史或者兵部侍郎的官衔出任巡抚，以都御史或兵部尚书衔出任总督。入则为朝廷尊官，出则奉敕行事，为一方军政之首，可谓是举足轻重，然而这种中央不是中央，地方不算地方的尴尬身份，还是为各位督抚带来了极大的困扰。
首先，地方行政架构仍然是原先的。都指挥使因为是武职，已经靠边站了，所以各省的行政机关，是以布政使和按察使为首，两位大僚开府见衙，都有各自的一套佐属官员。如承宣布政使司，有从二品左、右布政使各一人；从三品左、右参政无定员，从四品左、右参政无定员……本朝并无散官，官位都是一个萝卜一个坑，尤其是四品以上的高级官职更是缺货，所以‘无定员’的意思，绝不是可有可无，而是可以有很多名，一般每个布政使衙门里，都有十名以上的参政、参议协理政务。
这是高级官员，之下又设有照磨所、理问所、司狱司、杂造局、军器局、宝泉局、织染局等机构，且都有官职、定员。
至于按察使司，规模要小一些，但姓质是完全相同的。这很好理解，因为太祖设立这两个衙门，是为了让他们统领一省政务的，自然要将属官机构配置齐全了。
再看督抚帐下……不好意思，除了办理文书工作的书吏以外，并无任何佐属官员。为督抚办公的幕僚，并不是国家职官，乃是督抚私人聘用的。在这方面，连个知县都不如，好歹人家还有个县丞、主簿、典史，是国家给开工资的。
这也不难理解，因为最初总督、巡抚都是临时姓质的差遣，不是官职，因此不会设有佐官。这就造成了一种普遍的怪现象……督抚是布政使、按察使的长官，而布政使、按察使却是省级官僚系统的长官，督抚若是越过他们，直接指挥下级官僚，便犯了‘越权’的官场大忌。
且布政使是从二品，按察使是正三品，而巡抚往往以佥都御史出任，官衔才是正四品，甚至一些总督也是以正三品兵部侍郎出任。名为上司，品级却不如下属，而且下属还领着庞大的官僚机构，不出幺蛾子才怪。
事实上，督抚政令难行，全省事权不一，各衙门推诿扯皮，对上司阳奉阴违的现象，在各省极为普遍。这不仅使督抚大员要耗费大量的精力调和阴阳，许多不擅长搞人际关系的，直接四面楚歌，不得伸展。然而一旦有大事发生，朝廷要追究责任，督抚又首当其冲，下面人反而无事。这种吃不着羊肉还惹一身搔的郁闷曰子，是每个督抚都不愿意继续下去的……跟这个
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