朱元璋率领大军渡江后，他的原配马夫人和将士们的家眷仍然留在和州城。和州城是朱元璋的后方基地，需要有亲人镇守才放心，而且将士们的家眷留在后方也更加安全，可以让将士们在前方安心地作战。
和州城与太平城之间的交通只有水路。尽管七八个月来，朱元璋陆续占领了集庆周围的溧水、溧阳、句容、芜湖等一些城池，三面包围了集庆，但是水路却一直被元军切断，导致两城之间消息往来不通，将士们的心也逐渐慌张了起来。
直到至正十六年（公元1356年）二月，朱元璋率军大败元军水军，将他们的船只尽皆俘虏，和州城与太平城之间的来往才通畅起来。这下，有了后方的消息，将士们的军心也安定下来，心无旁骛，可以放心地再攻集庆了。
三月初一，朱元璋水陆大军齐头并进，向东开拔，三攻集庆。红巾军先与集庆城外围的元军陈兆先部交战，一鼓作气，大败元军，俘虏兵士三万六千余人。然后，红巾军架着云梯和攻城锤攻向城池，在将领们的鼓舞下，三军用命，一举攻破集庆城池。
集庆城破，元军守将福寿战死，元帅康茂才带着五十余万军民向朱元璋投降。自此，集庆（今江苏南京）这座千年古都，虎踞龙盘之地便收入朱元璋囊中，使得他拥有了逐鹿中原、问鼎天下的雄厚资本。
朱元璋率领大军进城后，召集了一次官吏和百姓的大会，大声地宣告：“元朝这个腐朽的朝廷，政治败坏，军事无能，民生凋敝，使得天下大乱，让老百姓吃尽了苦头。今天我率军进入集庆，是帮你们平定战乱的，不是来拆家杀人的。只要大家安心做事，支持红巾军，那么就没有什么好害怕的。而且，好人我会重用他，坏人我帮你们除去。如果有我们红巾军的将领做坏事，那么我会帮你们教训他的。”
朱元璋几句话讲完之后，便安定了集庆城的民心，老百姓纷纷支持这支不乱来的军队。集庆城也逐渐安稳下来，恢复了往日的秩序。同时，朱元璋为了更好地掌控集庆城，改集庆路为应天府，设立天兴建康翼统军大元帅府，任命廖永安为统军元帅，任命赵忠为兴国翼元帅，镇守太平。
此外，集庆城中的儒士夏煜、孙炎、杨宪等十几人拜见朱元璋，朱元璋在考校这些人的学识之后，录用了这些人。
“小明王”得到红巾军攻占集庆的捷报之后，十分高兴，升朱元璋为枢密院同佥。不久之后，又升朱元璋为江南等处行中书省平章，升李善长为左右司郎中，升朱元璋帐下诸将为元帅。这一年，朱元璋
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