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此外，宇明还设了一个参谋部，算是自己的军事幕僚机构，由大隋的前兵部侍郎斛斯政任参军，主要任务是协调骑兵、步兵和水师之间的配合，以及制订作战计划、装备供给发放及新兵招募分配等。
这样一来，这个参谋部的权力实际上是相当大的，没有参谋部肯，各军要想单独作战很难。这也是宇明结合后世的军队管理模式，既能避免军队将领自立的情形，又能避免以制武，导致军队战斗力下降的情况发生。
在辽东行营元帅部下面，宇明还设立了个**的机构，那就是财政部、锦衣卫和羽林军。
财政部除了制订预算外，还负有招商引资，发展辽东经济的责任，这个部长职位自然责无旁贷地落到了长孙无垢头上，因为在宇明身边的确没有人比她更合适了。她是长孙家的世家千金，颇有商业头脑，而且对于统筹安排颇有心得。
她又是宇明的正妻，在宇明看来，老婆管钱也是顺理成章之事。
同时，宇明要求长孙无垢尽可能地满足工匠们在研究武器装备时，对于金钱和物资的要求。他打算以后随着人才的不断发掘，还要设立除造船厂和武器研究所之外，其他和科技有关的研制机构，推动技术上的进步。
而锦衣卫则作了更明确的分工，指挥使仍然由红袖担任，内部又细分为个部门，一个是安全司，主要防止敌人渗透，以及调查内部可能出现的叛变及不稳定情况的。
另一个则是对外情报司，主要收集大隋各地、突厥、吐蕃、大食、日本、南洋诸国的情报。这也是锦衣卫中人最多的一个部门。
而最后一个则是狙杀司，专司暗杀，在需要的时候，会对一些威胁大的敌人实施定点清除。
羽林军则是直属宇明管理的亲军，统领是郭逸。它的主要任务是保护宇明及其军队、地方各级将领的人生安全，以及元帅府的保卫工作。用现在的话说，它们就相当于是警卫营，或者是缩小了的御林军。
宇明让郭逸担任羽林军统领，也是无可奈何的选择。郭逸这个人对他忠心耿耿，是他还在当伙长时就一起生死与共的兄弟。按理说早就应该提拔他担任八军主将之类的职务的。
但偏偏郭逸脑一根筋，打起仗来是不要命，在智谋上却连程咬金都不如。所以他只能当一员勇将，却难以独当一面作主帅。
在经过一番衡量之后，宇明便只得让郭逸担任自己的亲军统领，这样一举双得。既给了老兄弟一个地位较高的职务
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