为了有效的管理那些极其纷乱的部族，黄琼几经犹豫，最终还是放弃了原本多设直隶州的计划，在云南路设置了八个府。不仅打破了常例，还在诸府都专门设置了抚夷同知，或是抚夷通判。诸土官只能负责本部族的事物，其他部族便是同宗同源，也不许擅自接管。若是想要以本族子弟，继承其他同部族的官位，需要得到朝廷的特别批准才允许。
因为原来大理国部族众多，汉人数量本就不多。而且许多部族之间，相互都有仇恨。为了处置这里事情，在云南路设置了宣抚诸夷副使、兵备副使，专门用来处置诸部族之间，相互打冤家或是仇恨的事情，并设置了三千由本地招募的备军不说。还从北方调集六千八旗军，连同眷属一同分别进驻昆明与大理二府，称之为驻防八旗。与卫军一道，戒备可能乱事情。
调动女真人组成的六千八旗军，以及在本土招募了三千备军，并从两川抽调军马，设立了一万卫军。三支力量，即可以相互配合，又可以相互监视，相互的弹压。更是削弱了，北方的女真人实力，可谓是一举三得。而且与原本在女真本土，朝廷并不发军饷的八旗军相比，调往云南八旗军，不仅携带眷属，还每家分了三十亩田地。并按照卫军标准，统一领取俸禄。
被调出女真本土的八旗军，不单单是调往云南这一支。还有调往川西路的三千人，调往陇右嘉峪关的三千人。调往高丽的，调往镇州的，甚至还调往西域七千骑兵。而这些人调往驻地，不仅可以携带眷属。分给了土地或是牧场，朝廷还给与其一定的俸禄。没用五年女真故地，由女真兵组成的八旗，除了与汉军、渤海军组成分属三旗一万人外，几乎被调一个干净。
而这些兵被调走时，均有其子弟统带。他们原本部族的头人，大多数都被留在了原地。不仅形成了互为人质的地步，就算是想要造反，都找不到多少同族的人。一个八旗制度，将女真各部原有体系砸的稀烂。而女真故地，则迁入了大量汉军。原本北辽投降的汉军，以及投降的高丽军，变成了亦农亦兵的屯田军。甚至为了补充北部边防，征集一万汉化党项人编入。
编入了当地的八旗军，改称留守八旗。调走的八旗军，听说调往的地区气候温暖，朝廷不仅发地，还与汉军一样发给粮饷，自然乐不得的。而女真人讲究的是，不分嫡庶皆有继承权。包括女儿不分嫡庶，也是一样都有继承权。当然，庶出与女儿可继承的财产，远远低于嫡子。
女真人又是一夫多妻的制度，那些族长和头人虽说富庶，可膝下也是子女众多。这
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