当时幕府的观察人员向德川治济和松平定信回报，说兰芳火炮的射程非常恐怖，在近海地区向江户城区炮击，大半个江户城区都在他们火炮的威胁之下。
甚至于都有人觉得将军所在的地方已经不是很安全了，应该尽快向内地转移，避免被兰芳的火炮威胁到。
幕府高层对于这种情况的出现是完全没有预料到，这兰芳士兵的影子都没见着，光是炮击就把他们打的要死要活，这仗还怎么打下去？
德川治济和松平定信面面相觑，年轻的将军德川家齐颇有些慌乱，不断的寻思着自己是不是应该离开这是非之地，去到更安全的地方。
不过很快，德川治济否决了这一提议。
“现在撤退已经来不及了，很难说一旦兰芳军队开始追击，我们能不能快速的离开这里，万一在撤退的路上被兰芳军队追上，到时候又该如何是好？
留在江户城内，好歹还能据险而守，离开江户城，我们就是砧板上的鱼肉，任人宰割，所以绝不能在这个时候撤退。”
德川治济的说法得到了大部分人的认同，他们也觉得这个时候要是逃跑，很难说会不会被兰芳军队追上，然后乱枪打死。
待在江户城内，好歹还有那么多的防御设施，好歹还有坚固的城防，战斗已经打到了这个地步，只能硬着头皮继续打下去，没有别的办法。
但是他们没想到的事情还在后头。
兰芳海军的远距离炮击还在持续。
长达两个小时的炮击之后，李闯认为进军的时机已经到了，于是下列大量六级舰组成的进攻船队开始向江户城水道系统进发。
江户城区内的水道可以抵达江户城的任何一个地方、任何一个角落，所以兰芳海军可以完全充分地发挥自己的水上优势，使用大量六级战舰承载军队和少量火炮展开突击。
他们可以通过水道进入江户城区内，对江户城区内还没有溃散的幕府军队展开进一步的进攻，抢占城内关键的军事设施，以尽可能快速的控制江户城区。
于是第二阶段作战正式展开。
海军陆战队乘坐战舰进入江户水道，通过江户水道进入江户城区，一路上发现并没有遭到什么阻挡，如入无人之境。
船上的士兵瞄准岸边，一旦出现尚未溃散的幕府武装，便立刻开枪射击，将其击溃。
抵达城内战略要地之时，便由军队通过水道登陆，直接奔袭战略要地，将其拿下，驱散周围幕府武装，以实现对战略要地的
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