演习”，以寻求研制出大批使炭疽菌、牛瘟和羊瘟病毒及各类毒药成为进行细菌战的最适宜的武器。
第二部，是该部队的主要部门，负责各种细菌、病毒的研究和制造。下设细菌、病理学、实验动物管理、有机化学和植物学等五个分部。其细菌学分部从事炭疽菌、鼻疽菌的研究工作，并研究和大批制造牛瘟、羊瘟两种病毒。植物学分部研究细菌毒害或传染植物的方法。1943年10月，又决定增设第六分部，任务是大量增殖炭疽菌、鼻疽菌和锈菌（黑穗菌），并在地下特种仓库内保存这种细菌。
还有制造血清疫苗的第三部，负责饲养动物的第四部，负责培训专业技术人员的第五部。第五部，是教育部，又称531部队。关东军的兽医下士官候补生，一直由第五部负责教育，1943年以后，关东军的兽医干部候补生，也不再由东京陆军兽医学校培训，而改由第100部队代培。毕业后，由关东军统一分配到各军团去工作。
另外，第100部队还先后在大连、海拉尔（后迁克山）、拉古（后迁牡丹江市）、佳木斯、四平设有5个支队，并在关东军各军团设置兽医部队，配合第100部队的细菌战活动。
第100部队与第731部队一样，建筑非常庞大，戒备十分森严。据原东北医大卢田广之的证词，“该部队所征用的劳工都是在指定的地方（如房屋、操场），来做活的”。王庆有在第100部队当过10多年劳工，他说：本部右前方有一座三层的高楼，由这座楼中央竖起一个高插入云的白烟囱，这个地方是中国人的禁区，“拦有铁刺线，站在旁边往里看一眼都不行，如果让日本兵发现，开枪就打”，因为这里是100部队的要害部位第二部，有庞大的细菌实验室和炼人炉。原第100部队工作员三友供认：该部队设有“军人禁闭室”，是在第二部的地下室里，两个连接的小屋，每屋4米见方，有两层保险门，门高不足2尺，宽1.5尺，墙上有用软木做成的隔音装置，这两间小屋的对门是化验室。本部的后边也有这样的小屋。每间小屋至少监押着30～40人。实际上，它并不是“军人禁闭室”，而是监押准备做细菌实验的中国人的监狱。还备有3辆特别囚车，经常从外边把“囚犯”秘密地运进来。在本部西北不远处，是“牲畜掩埋场”，有东西约半里、南北约1里那样大，不仅埋实验致死的牲畜，而且将细菌实验致死的人也埋在这里。
它与伪滿卫生机构的关联
第100部队与第731部队及伪满卫生机构，在细菌战研究
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