设有吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部各部。其职务在秦汉时本为九卿所分掌，魏晋以后，尚书分曹治事，曹渐变为部，隋唐始确定以六部为尚书省的组成部分。以吏、户、礼、兵、刑、工六部比附《周礼》的六官，秦汉九卿之职务大部并入。
三省六部是自西汉以后长期发展形成的制度。其中尚书省形成于东汉(时称尚书台);中书省和门下省形成于三国时，目的在于分割和限制尚书省的权力。在发展过程中，组织形式和权力各有演变，至隋，才整齐划一为三省六部，主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。
汉光武帝刘秀在尚书台设三公、吏部曹、民曹、客曹、二千石曹、中都官曹等六曹尚书，为六部前身。西晋时，有吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹，属尚书省。南北朝亦有六部，然名称因王朝而异。隋初六部名为吏部、礼部、兵部、度支、都官及工部。
至唐朝改度支为户部，改都官为刑部，遂成吏、户、礼、兵、刑、工六部，统于尚书省。
此番改革，天子刘洵将尚书台中的政务司改为吏部，吏部分四个属司，即文选司，负责选拔官吏；验封司，负责查验官吏的功劳真伪；稽勋司，负责定夺官吏的奖赏之事；考功司，负责对官吏进行考核。各司长官均为侍郎，由原政务令史高任吏部尚书。
改市舶司为户部，户部分四个属司，即度支司，负责户部钱粮的支取、拨付；府库司，负责户部钱粮的存储；市舶司，负责各种税赋的收取；田亩司，负责天下田亩人丁数量的统计和更新。各司长官均为侍郎，由原市舶令史玄任户部尚书。
增设礼部，礼部分四个属司，分别是仪制司，负责朝廷庆典、接待等国事的礼仪事宜；祠祭司，负责皇家祭祀等事宜；精膳司，负责接待来访使节、番邦王室的膳食事宜；主客司，负责具体接待来访使节、番邦王室的事宜。各司长官均为侍郎，由宗正刘德任户部尚书。
改兵事司为兵部，兵部分四个属司，分别是职方司，负责武将的升迁、选拔、考核事宜；武库司，负责汉军兵备的储存事宜；将百工司并入兵部，负责汉军兵备的研发和打造、换装事宜；武选司，负责汉军兵源的选拔、操练、抚恤等事宜。各司长官均为侍郎，由兵事令史曾任兵部尚书。
改镇抚司为刑部，刑部分五个属司，分别是镇抚司，负责监察朝中以及各郡国大臣一切大臣不法之事，以及逮捕、质询、搜查朝中大臣之权；都民司，负责巡视天下郡国的门阀士族及地方豪强、普通百
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