西宁、兰州的秦军却并没有返回内地，而是精选了六百精锐和八百蒙古部族武士，趁天气转暖之际，朝西藏拉萨城进发，准备以强大的武力威慑，将和硕特汗国收服，斩断其与准噶尔汗国之间的联系，稳定西南边疆局势。
6月15日，秦军进抵原大明朵甘思宣慰司地玉树，收服当地的囊谦王族所属部落。
7月2日，秦军进占昌都，尽俘和硕特汗国官员和地方喇嘛。
拉萨城内的和硕特汗国达.赖汗（不是那个喇嘛，又称热丹台吉）和五世大.赖.喇.嘛闻讯后，震恐不已，立即分别派出各自使者前往昌都，哀求天朝大军勿要进军拉萨，行杀戮之举。
秦军领兵将领敬告和硕特汗国和五世大赖喇嘛派来的使者，立即举国降附，向大秦称臣纳贡。否则，天朝大军数万官兵将杀入拉萨，尽屠其众。
在经过一番激烈讨论，又权衡利弊后，和硕特汗国达.赖汗被迫屈服，派族弟甘丹策旺前往兰州，上表归附大秦。
而五世大.赖.喇.嘛则应允，会率僧众官员于六月启程前往南京，敬拜大秦皇帝，接受册封，并表示臣服。
至七月中旬，困扰大秦西北和西南的边患，就在一个非常偶然的事件中得以暂时消解，而且还扩地数千里，这让两年前还在朝鲜碰得满头是包大秦朝廷，声势大涨。
但是，这场短促的军事行动，因为距离内陆腹心地区太远，以至于耗费了大量的金钱和物资，前后靡费白银两百多万两，将从齐国借来的贷款，给花去了大半。
开疆扩土，收纳和硕特汗国，将大秦势力延伸至河西走廊最西端和原乌斯藏地区，却让皇帝孙可望得意非常。兴奋之余，皇帝便在南京紫禁城中大宴群臣。
然而，乐极生悲，孙可望竟然于9月15日夜间，酒后宠幸美人时，猝死于龙榻之上，丢下了他创立的大秦帝国。
新君孙征灏在数位重臣宿将的支持下，登基继位，成为大秦帝国第二代皇帝。考虑到先帝刚刚故去，西北准噶尔隐然有再度入寇青海和河西走廊的苗头，北方那个归附的清虏余孽也开始蠢蠢欲动，准备勾连喀尔喀蒙古，行图谋辽东之举。
北明朝廷虽然被齐国给摁住了，没有直接发起军事挑衅，但却鼓动朝鲜东南三道和西北咸宁北道要建立一个高丽傀儡王国，与朝鲜行并立之举。
而国内江南、江西，以及四川等地，也出现各种流言蜚语，民心骚动，俨然有地方势力妄图挑起对朝廷的叛乱。
在内忧外患之下，
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