敲定了七位内阁大学士的人选之后，雷云继而又任命了六部的尚书；其中王图为户部尚书，蔡邕为礼部尚书，贾诩为兵部尚书，田丰、田韶分别兼任刑部、工部尚书；至于吏部尚书暂时空置，由祢衡、徐庶分兼左右侍郎暂理部事。
内阁与六部的框架建立起来以后，他又宣布设立大理寺与御史台；其中大理寺掌管刑狱案件审理，最高长官为大理寺卿，下设少卿二人（掌折狱、祥刑）、正二人（掌议狱、正科条）、丞六人（掌分判寺事，正刑之轻重）、主簿二人（掌印，省署抄目）、狱丞二人（掌率狱史，知囚徒）等等。 御史台则主掌监察、弹劾及建议；最高长官为御史大夫，下设御史中丞、殿中侍御史、监察御史以及各州监察御史等等。
接下来，他又根据规划设立了宗正府、内务府、太常寺、光禄寺等机构，将一个国家的初步框架建立起来！
一应机构设立之后，随后自然是各机构职位任命，而很多相关职位他心中也早就有了人选，比如任晏明为宗人府宗令，田丰为左都御史，沮授为大理寺卿，王睿为内务府总管等等等等……
此外，为了突出法制的理念，他还将大理寺与御史台的地位列于六部之上，作为其最高长官的大理寺卿与左都御史均官授正一品，与内阁大学士平齐……
至此，整个燕国的国家体制终于变得完善起来！
料理罢国事，雷云在军事方面也有所动作。首先，他将原属于军部的职权拆分开来，其中一些建设性的事宜如征兵、兵籍、编制、军械、军令、训练、授衔等划归兵部，至于军事方面的决策与指挥权他则准备另设一个专门的机构……
经过几日的考量与商榷，他最终决定仿清代设立军机处！
虽然是名称相同，但是他所设立的军机处与清代的军机处还是有所不同的，其中最主要他这里所设的军机处只是国家的最高军事指挥和决策机构，统摄燕国所有的军队，并不涉及任何国家政务。
如果说内阁是他在国事方面所设的一个秘书处，那么军机处便是他在军事方面设立的一个秘书班子，二者均直属他本人； 如此一来，国家所有的军政大事最后便完全取决于他一人！
设立军机处之后，军机处的主要成员便提上来日程。经过一番深思熟虑之后，他决定设立“军机参赞”一职，而后任命晏明、贾诩、李儒、沮授、徐庶五人为军机参赞。军机参赞既无品级，又无军衔，更无独自调兵之权，但是却可参议一切军机大事，亦可在非常时刻通过紧急投票
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