担心刘毅不是对手，写信相约共同平叛，结果刘毅一意孤行，导致全军覆灭，若不是刘裕、刘穆之回援及时，东晋都城建康可能又一次沦陷。
平定卢循之乱后，刘裕还安慰勉励刘毅一番，不过两人早已经是貌合神离了。
刘毅对刘穆之每每所言必中十分痛恨，常常劝说刘裕夺了刘穆之的权。
可刘裕不是傻子，怎么会听假想敌的一面之词而自断双臂，却反而因此更加信任的刘穆之了。】
【刘穆之看出了刘毅“不能居下，终为异端”，因此提醒刘裕做好防范。
刘穆之辅佐刘裕扩大势力，起用那些被刘毅排斥的人。
谢方明和蔡廓原本是刘毅的死党，看到刘毅失势后，这两人拜访了刘穆之。刘穆之于是向刘裕推荐二人，刘裕都给予重用。
义熙七年（411年），刘裕觉得铲除刘毅的时机成熟，于是亲征刘毅。
出征前，刘裕以豫州刺史诸葛长民监太尉留府事，刘穆之为建威将军辅佐诸葛长民处理政务。】
【诸葛长民是参与京口起兵的老人。
此时他看到刘裕铲除异己，于是有了兔死狐悲之感。
诸葛长民私下里对刘穆之说：“人间论者谓太尉与我不平，其故何也？”刘穆之看出诸葛长民有谋反之意，为了麻痹他，刘穆之宽慰到：“相公西征，老母弱弟委之将军，何谓不平？”
诸葛长民在刘穆之的忽悠下，打消了趁机谋反的打算。不久后刘裕平定了刘毅的叛乱，回师京城。
刘穆之早已向刘裕通报了诸葛长民有谋反之意，刘裕回到京城后，召见诸葛长民，趁其不备将他杀死。】
【铲除权臣后，刘裕将打击的目标锁定为东晋宗室。
荆州刺史司马休之因为是宗室出身，又有贤名，因此颇得人心。
义熙十一年（公元415年），刘裕率领大军攻打司马休之，留下刘穆之镇守京城，事无大小，都由刘穆之决断。
在刘裕的强大攻势下，司马休之迅速被击败，被迫亡命后秦。】
【刘穆之作为刘裕的得力助手，他为刘裕镇守大后方，帮助刘裕物色了大批富有才干而又忠于刘裕的人才。
例如世家大族的代表谢晦，谢晦出自陈郡谢氏，门第高贵。
谢晦不仅对刘裕忠心耿耿，还十分有才华。刘裕征后秦时，“入关十策，晦有其九，才略明练，内外要任悉委之”。
除了谢晦，后来又有谢方明等士族人才
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