回去后不久，就发生了“夺门之变”并重新当上了皇帝，于谦也被杀害，而明朝从此也进入了宦官专权的黑暗时代。
从此，明朝正式走向了衰落。不过，正当瓦剌如日中天时，也先开始恃强骄纵，日益骄横，荒于酒色。西元1455年，也先被部下杀害，导致瓦剌迅速瓦解，而鞑靼部又开始兴起，于是反过来攻打瓦拉部。西元1465年，鞑靼部占领了河套平原。从此以后，河套地区就成为了蒙古各部联合侵略明朝的重要基地。
西元1487年，蒙古著名的“达延汗”开始亲政，并在他的带领下，鞑靼彻底击溃了瓦剌部。西元1506年，“达延汗”又汗征服了亦思马因、火筛、亦卜剌，并统一了漠南蒙古，并被草原各部落称为“中兴之主”。
“达延汗”去世后，蒙古又分裂为40多个部落。不过，其孙子“俺答汗”最强盛，最后也统一了漠南蒙古（内蒙古）各部，其势力东起宣化、大同以北，西至河套，北抵戈壁沙漠（大漠），南临长城（边墙）。
这时，明朝的皇帝是嘉靖，果然还是一个昏君。此时，大奸臣严嵩等专权，朝政比明英宗时期更腐败。当时，明朝每年用于抵抗蒙古的军费开支约为600万两白银，然而却毫无效果，因为“俺答汗”为了实现“恢复元朝”的荣光，不断南下进攻山西等地，而明朝主张收复河套的有识之士宗曾铣竟然还被嘉靖杀害。
西元1550年，“俺答汗”率兵进攻大同，而严嵩之子严世蕃竟然用金钱贿赂“俺答汗”，让他去进攻其他地方。于是，“俺答汗”转而进攻北京，而拱卫京师的明朝军队竟一触即溃，毫无战斗力可言，丢人现眼。
“俺答汗”率领大军直到北京城下，而北京的10万大军竟“惟怯不敢战”。于是，嘉靖皇帝最终通过大量金钱贿赂，才让“俺答汗”不要进攻皇宫，而“俺答汗”也在北京抢劫一番而去。这件事情被成为“庚戌之变”。
此后，“俺答汗”不断进攻明朝的宁夏、陕西、山西、河北等地区，使得明朝苦不堪言。到了明穆宗继位时，明朝的政治才有所改观，并使得边防得到了加强。嘉靖十八年（西元1539年），朱载坖受封为“裕王”。嘉靖二十八年（西元1549年），庄敬太子朱载壡无子而薨，按次序应立朱载坖为“皇太子”，但明世宗始终未立新储，而其弟“景王”朱载圳亦觊觎皇位。到了嘉靖四十四年（西元1565年），朱载圳却先死了。
翌年十二月（西元1567年1月），明世宗驾崩，朱载坖才得以登上皇位
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