朝的官僚体系。“东林起”于吴中（江苏无锡），其主要成员多是江南读书人。徐光启则是上海人，与“东林党人”的交往很自然就多了去。
“东林党”是政治派别，有自己鲜明的政治诉求，与以“阉党”为主力的“北党”一样，都是朝中不同的政治势力。而四十岁以后的开始平步青云的徐光启早已心有所属，因明哲保身，对政治斗争实在是没那闲心。
徐光启曾在信中说：“党与二字，耗尽士大夫精神财力，而于国计民生，毫无干涉，且以裕蛊所为，思之痛心，望之却步。”当时朝中壁垒森严，非此即彼，而徐光启也在“阉党”和“东林”之间不做左右袒护。
徐光启特立独行，不去招惹是非，便惹得“阄党”对他不高兴，同时，“东林党”也对他很不满意。但正因如此，他才成为了崇祯帝朱由检的“心腹”之一，每遇大事而无不与之相谈，却又被官僚体系和财政束缚。
明末西学越海而来，“东林党”中的一些开明人士对此也很有兴趣。但作为“政治党人”，多数“东林人”对西学这种“奇技淫巧”和“西洋外道”也就顾不上发生兴趣了，毕竟全力参与朝廷中的权力争斗才是重中之重。
早期的“”东林巨子”虽然隔膜，但相处之际，还是彬彬有礼。如“东林健将邹元标”，只说西学诸义、中国圣人和历代名儒，早已讲说透彻，详尽无余，属“古已有之”的东西，因为他担心因靠近西学而遭诟病。
或是“东林党”中的杰出人才们没有意识到“新学”（西学）同“道学”（传统道家哲学）根基的根本冲突，后来如邹维琏等，便起而攘之了。也就是说，儒家思想在“宋明理学”阉割下变得极其排外，夜郎自大！
冲突是必然的，而且无处不在的。最简单的例子，是徐光启想要加入“天主教”，但其教义却禁止一夫多妻。徐光启只有一个儿子，没有孙子，曾想娶一妾，以求开枝散叶，子孙无穷。但格于教义严苛，遂只好作罢，并感叹道：“十诫不难守，独不娶妾一款为难。”就这样，徐光启纠结了很久决定才加入“天主教”。
有一个叫黄贞的人，头脑锐利，曾拿这一项来质问传教士艾儒略。黄贞举的例子是“周文王”。旧史里说周文王多后妃，生百子，而他又是中国的“圣王”。那么，难道这样一个圣人若不信宗教也要下地狱吗？
艾儒略只好支吾不言。文王之外，古如舜有娥皇、女英，今如皇帝后宫三千，谁敢让他们下地狱呢？
对类似的争执，徐光启是能避就避。
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