第十一款：
中华商贾携带之货物，需以值百抽六之税费缴纳于日本国。缴纳印花之后，日本国不得对此货物征收任何形式的税款、厘金等。沿途亦不得阻拦。
日本国可以允许货物免税。
第十二款：
日本国之下关海峡、纪淡海峡，中华船只皆可通行。
日本国不得设置炮台，长府藩、小仓藩原有之炮台，应在签约交换当日予以拆除。
鉴于炮台拆除之海警，若有第三方船只强闯，中国之海军将有义务将其驱逐离开。
第十三款：
中国之舰船，不得擅自进入江户湾。
若擅入，日本国有权击沉。
第十四款：
中日双方应约束百姓渔民商贾，若在非开埠之处登陆，皆可驱离、擒获。
若为海寇袭扰者，皆可击沉。
中华尊重日本国之锁国制度，任何擅自离开日本前往中国的日本国民，将予以趋离送回。
日本国应约束本国国民，勿使有海寇侵扰中华海岸之乱。
第十五款：
古云：三皇不同俗、五帝不同教。
中华尊重日本国之公武制度，不因此而干涉。
第十六款：
中华商贾，不得私自与诸藩进行贸易。
第十七款：
中华之商贾，可购买武士佩刀之身份，以便贸易中因身份而起争执。
第十八款：
若遇风浪，中华船只可以在日本除江户之外的港口停留避风，但不可以在五处商埠之外售卖货物。
第十九款：
日本国为保明认真实行约内所订各款，听允中华军队暂占守长州藩之萩城。长府藩之下关当为中立区，双发均可驻军一千，以便换约。
又，待第一次赔款偿付，中华则允诺撤出萩城。
第二十款：
本约批准互换之后，中国将释放所有被俘的日本国俘虏——心慕中华、主动投靠的不在此列。
第二十一款：
中国将赔付因战火波及的京都百姓房舍，每户赔付库银八两，合计库银八万两。
此款项，于换约后一月之内交付。
第二十二款：
日本国应善待百姓，应答允中华皇子于鸟取藩所答应的百姓一揆之条件；日本国应督促长州藩履行减贡三成之信约。
第二十四款：
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