定国、孙可望率领。
李定国、孙可望都是农民军出身，可他们知道，清军是汉人的共同敌人。顺治九年，李定国率领十万兵马从四川赶到广东，跟永历帝的兵马汇合。他先是在湖南衡阳大败清军，斩杀了定南王孔有德；又在广西桂林打败了敬谨亲王尼堪，尼堪战死在乱军之中。这两场胜仗，是南明抗清以来最大的胜利，江南的百姓们都偷偷挂起了大明的龙旗，以为大明要复兴了。
可孙可望是个野心家，见李定国立了大功，心里嫉妒，想抢永历帝的皇位。他率军攻打李定国，两人自相残杀，南明的兵马损失惨重。清军趁机南下，瞿式耜率领残兵在桂林死守，城破后，他坐在府衙里，对着清军说“我是大明的兵部尚书，要杀就杀，别来劝降”，最后被清军斩杀在府衙的大堂上。
永历帝吓得像丧家之犬，从肇庆逃到桂林，从桂林逃到昆明，最后逃到了缅甸。缅甸国王见他是大明的皇帝，刚开始还挺客气，给他们安排了住处。可顺治十六年，吴三桂率领大军追到缅甸，逼迫缅甸国王交出永历帝。缅甸国王害怕清军，直接把永历帝绑了起来，送给了吴三桂。
康熙元年，永历帝被押到昆明的逼死坡。吴三桂劝他投降，他看着吴三桂说：“你是大明的臣子，怎么能背叛大明？”吴三桂被问得说不出话，下令用弓弦把他勒死在坡上的一棵老槐树下。永历帝临死前，望着北京的方向哭着说“大明亡了，朕对不起祖宗，对不起百姓”——他当了十六年皇帝，逃了十六年，最后还是没能守住大明最后的一丝气数。
永历帝殉国的消息传到台湾时，郑成功正在攻打荷兰人占领的热兰遮城。他气得吐了血，却还是坚持指挥作战。顺治十八年十二月，荷兰总督揆一签署投降书，带着残兵离开了台湾。郑成功收复了台湾，在台南建立了明郑政权，沿用永历的年号。他派人去大陆招募百姓来台湾开垦，教百姓们种水稻、甘蔗，台湾的田野里终于有了炊烟。
可郑成功的身体越来越差，隆武帝、永历帝的死，父亲的投降，像一块块石头压在他心上。康熙元年五月初八，他站在台湾的海边，望着大陆的方向，说“我无面目见先帝于地下”，然后闭上了眼睛，年仅三十九岁。
郑成功死后，儿子郑经继承了他的位置，继续在台湾抗清。康熙二十年，郑经病逝，儿子郑克塽继位。此时的明郑政权已经四分五裂，大臣们争权夺利，兵马越来越少。康熙二十二年，清军派施琅率领水师攻tai，郑克塽年纪小，没什么本事，见清军势大，只能投降。
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